diff --git a/gene.md b/gene.md
new file mode 100644
index 0000000..5dcea19
--- /dev/null
+++ b/gene.md
@@ -0,0 +1,901 @@
+# Gene 方案
+
+## 这份文档针对什么
+
+这个项目里，`Skill` 已经不是一个抽象概念，而是完整的业务实体：
+
+* 后端有 `project_skill` 持久化模型
+* Git 同步会扫描仓库里的 `SKILL.md`
+* 聊天构建会把启用的技能注入上下文
+* 前端有技能列表、详情、编辑、删除、扫描
+* 内建技能模板也已经存在
+
+所以这里不应该“用 Gene 替换 Skill”，而应该是：
+
+* `Skill` 继续负责执行和交付能力
+* `Gene` 作为新增元层，负责让技能可演化、可比较、可追踪、可继承
+
+---
+
+## 设计结论
+
+`Gene` 的正确位置不是新的执行系统，也不是 `Skill` 的替代品，而是 `Skill` 的生命周期治理层。
+
+```text
+Skill = 可执行内容 + 上下文注入 + 业务交付
+Gene = 演化族 + 版本谱系 + 评估记录 + 选择记录
+```
+
+更准确地说：
+
+```text
+Skill 是可执行的技能内容，负责被扫描、编辑、启用、注入和交付能力。
+
+Gene 是 Skill 的演化族，负责组织一个 Skill 在项目内的版本、来源、谱系、评估和选择记录。
+
+GeneRevision 是 Gene 下的不可变版本节点，绑定到某个 Skill 内容快照。
+
+GeneEvaluation 是对某个 GeneRevision 的评估结果。
+
+GeneSelection 是对当前有效 GeneRevision 的显式选择记录。
+```
+
+---
+
+## 项目现状
+
+### Skill 已经落在这些地方
+
+* `libs/models/projects/project_skill.rs`
+
+    * 定义了 `project_skill` 实体
+    * 已包含 `source`
+    * 已包含 `repo_id`
+    * 已包含 `commit_sha`
+    * 已包含 `blob_hash`
+    * 已包含 `content`
+    * 已包含 `metadata`
+    * 已包含 `enabled`
+
+* `libs/git/hook/sync/mod.rs`
+
+    * 扫描仓库中的 `SKILL.md`
+    * 从 frontmatter 解析 `name`、`description`、`license`、`compatibility`
+    * 用 `commit_sha` 和 `blob_hash` 做增量同步
+
+* `libs/agent/skills/templates.rs`
+
+    * 内建技能模板已经编译进程序
+    * 这些模板本质上是“系统内置 Skill”
+
+* `libs/agent/chat/message_builder.rs`
+
+    * 读取项目中启用的技能
+    * 把技能注入对话上下文
+    * 和 embedding / perception 一起影响模型行为
+
+* `src/app/project/skills/*`
+
+    * 已有技能管理 UI
+    * 能查看、编辑、删除、扫描技能
+
+---
+
+## 现有 Skill 的问题
+
+当前 `Skill` 已经能用，但还不够“可进化”：
+
+* 只有内容，没有明确的演化关系
+* 只有当前状态，没有谱系
+* 只有启用/禁用，没有版本选择
+* 只有来源信息，没有变体比较
+* 只有同步时间和 blob hash，没有“为什么变成这样”的记录
+* 有评估空间，但没有评估结果和版本绑定
+* 有扫描和编辑能力，但没有可审计的回滚与选择记录
+
+换句话说，现在的 `Skill` 更像“静态资产”，还不是“进化单元”。
+
+---
+
+## 设计原则
+
+### 1. Skill 仍然是唯一执行实体
+
+`Skill` 继续负责：
+
+* 被扫描
+* 被编辑
+* 被启用或禁用
+* 被注入聊天上下文
+* 交付实际能力
+
+`Gene` 不直接执行任务，不直接调用工具，不直接参与上下文拼装。
+
+---
+
+### 2. Gene 只管理 Skill 的演化元数据
+
+`Gene` 管理的是：
+
+* 版本
+* 来源
+* 父子关系
+* 变体
+* 评估
+* 选择
+* 淘汰
+* 回滚
+
+它不应该成为第二套 `Skill` 系统。
+
+---
+
+### 3. GeneRevision 必须不可变
+
+`Skill` 可以是当前可编辑对象。
+
+`GeneRevision` 是不可变演化节点。一旦创建，不应再修改：
+
+* 内容快照
+* 父代关系
+* 来源信息
+* `commit_sha`
+* `blob_hash`
+* `content_hash`
+* `mutation_reason`
+* `mutation_diff`
+
+后续任何内容变化、prompt 变化、工具权限变化、上下文注入规则变化，都应该产生新的 `GeneRevision`。
+
+---
+
+### 4. Evaluation 必须绑定到具体 Revision
+
+评估不是评价一个抽象的 `Gene`，而是评价某个具体版本。
+
+因此：
+
+```text
+GeneEvaluation 必须绑定 revision_id。
+```
+
+否则同一个 `Gene` 下存在多个版本时，评估结果无法精确归因。
+
+---
+
+### 5. Selection 必须显式记录
+
+如果系统选择了某个版本作为当前有效版本，必须记录：
+
+* 选中了哪个 revision
+* 为什么选它
+* 谁选的
+* 依据什么策略选的
+* 什么时候选的
+* 是否仍然 active
+
+这能支持审计、回滚和后续自动选择。
+
+---
+
+### 6. SKILL.md 仍然是仓库内 Skill 的事实来源
+
+仓库里的 `SKILL.md` 仍然是 Git 同步的事实来源。
+
+`Gene` 只记录它如何演化，不改变仓库同步的基本语义。
+
+---
+
+## 核心概念
+
+### Skill
+
+`Skill` 是现有业务实体。
+
+它负责：
+
+```text
+可执行内容
+上下文注入
+用户可见编辑
+Git 扫描
+启用 / 禁用
+业务交付
+```
+
+### Gene
+
+`Gene` 是某个 Skill 的演化族。
+
+它负责组织这个 Skill 的生命周期：
+
+```text
+这个能力从哪里来
+经历过哪些版本
+有哪些变体
+评估结果如何
+当前选择哪个版本
+哪些版本被淘汰
+```
+
+### GeneRevision
+
+`GeneRevision` 是 `Gene` 下的一个不可变版本节点。
+
+它绑定某个 `Skill` 的内容状态，例如：
+
+```text
+skill_id
+skill_slug
+commit_sha
+blob_hash
+content_hash
+content_snapshot_ref
+```
+
+### GeneEvaluation
+
+`GeneEvaluation` 是对某个 `GeneRevision` 的评估结果。
+
+它回答：
+
+```text
+这个版本好不好？
+在哪个数据集上测的？
+指标是什么？
+是否通过？
+成本和延迟如何？
+失败样本是什么？
+```
+
+### GeneSelection
+
+`GeneSelection` 是对当前有效版本的显式选择记录。
+
+它回答：
+
+```text
+当前选中哪个 revision？
+为什么选它？
+谁选的？
+依据什么策略？
+是否还在生效？
+```
+
+---
+
+## Gene 和 Skill 的关系
+
+可以把关系理解为：
+
+```text
+Gene 1 ── has many ── GeneRevision
+GeneRevision ── references ── Skill snapshot
+GeneRevision ── has many ── GeneEvaluation
+Gene ── has one active ── GeneSelection
+GeneSelection ── selects ── GeneRevision
+Skill ── executes ── actual capability
+```
+
+也就是说：
+
+* `Skill` 解决“能不能做”
+* `Gene` 解决“该保留哪个版本、为什么保留、怎么变体、怎么传播”
+* `GeneRevision` 解决“这个能力在某一刻具体长什么样”
+* `GeneEvaluation` 解决“这个版本是否足够好”
+* `GeneSelection` 解决“当前应该用哪个版本”
+
+---
+
+## 数据模型
+
+### ProjectGene
+
+```text
+ProjectGene
+  - gene_id
+  - project_uuid
+  - skill_id
+  - skill_slug
+  - name
+  - description
+  - owner
+  - status
+  - created_at
+  - updated_at
+```
+
+说明：
+
+* `gene_id` 是 Gene 的唯一标识
+* `project_uuid` 绑定项目
+* `skill_id` / `skill_slug` 绑定现有 Skill
+* `status` 可为 `active`、`archived`、`deprecated`
+* `owner` 用于责任归属
+
+---
+
+### ProjectGeneRevision
+
+```text
+ProjectGeneRevision
+  - revision_id
+  - gene_id
+  - version
+  - parent_revision_id
+  - origin
+  - source
+  - skill_id
+  - skill_slug
+  - commit_sha
+  - blob_hash
+  - content_hash
+  - content_snapshot_ref
+  - mutation_reason
+  - mutation_diff
+  - created_by
+  - created_at
+```
+
+说明：
+
+* `revision_id` 是内部唯一版本节点
+* `version` 是用户可见版本号，不承担唯一性职责
+* `parent_revision_id` 表示单父版本关系
+* `origin` 表示来源，例如 `git_sync`、`manual_edit`、`builtin_template`、`migration`
+* `source` 复用现有 `Skill.source`
+* `commit_sha` / `blob_hash` 记录 Git 来源
+* `content_hash` 记录内容稳定标识
+* `content_snapshot_ref` 用于指向当时的内容快照
+* `mutation_reason` 记录为什么产生这个版本
+* `mutation_diff` 记录相对父版本的变化
+
+---
+
+### ProjectGeneEvaluation
+
+```text
+ProjectGeneEvaluation
+  - evaluation_id
+  - gene_id
+  - revision_id
+  - eval_name
+  - evaluator
+  - dataset_ref
+  - dataset_version
+  - metric_name
+  - score
+  - threshold
+  - passed
+  - sample_count
+  - failure_count
+  - latency_ms_avg
+  - cost
+  - result_summary
+  - result_json
+  - evaluated_at
+```
+
+说明：
+
+* `revision_id` 必填
+* `score` 不应脱离 `metric_name` 单独解释
+* `threshold` 用于判断是否通过
+* `sample_count` 和 `failure_count` 用于判断评估可信度
+* `result_json` 存放详细结果、失败样本、分项指标等
+
+---
+
+### ProjectGeneSelection
+
+```text
+ProjectGeneSelection
+  - selection_id
+  - gene_id
+  - selected_revision_id
+  - project_uuid
+  - policy
+  - reason
+  - selected_by
+  - selected_at
+  - active
+```
+
+说明：
+
+* 同一个 `gene_id` 同一时间只能有一个 active selection
+* `policy` 可以是 `manual`、`latest_passed`、`best_score`、`stable_low_cost`
+* `reason` 用于审计和回滚
+* `selected_by` 可以是用户、系统或自动策略
+
+---
+
+## 关于 GeneLineage
+
+MVP 阶段不单独引入 `GeneLineage` 表。
+
+原因是：如果每个版本只有一个父版本，`ProjectGeneRevision.parent_revision_id` 已经足够表达谱系。
+
+```text
+MVP：单父版本树
+Future：多父 DAG / merge / cross-skill inheritance
+```
+
+未来如果需要支持合并、交叉继承或复杂谱系，再引入：
+
+```text
+ProjectGeneEdge
+  - parent_revision_id
+  - child_revision_id
+  - edge_type
+  - mutation_reason
+  - mutation_diff
+```
+
+---
+
+## 关于 Variant
+
+`Variant` 是 Gene 的重要能力，但不一定是 MVP 的独立表。
+
+这些变化都可以先作为新的 `GeneRevision` 表达：
+
+* 更严格的 prompt
+* 更短的 prompt
+* 不同工具权限
+* 不同上下文注入规则
+* 不同评估阈值
+
+MVP 中：
+
+```text
+不单独引入 ProjectGeneVariant。
+所有变体先作为 GeneRevision 表达。
+```
+
+当系统需要以下能力时，再引入 `GeneExperiment` / `GeneVariant`：
+
+* A/B 实验
+* 并行流量分配
+* 实验分组
+* 统计显著性
+* 多候选版本同时比较
+
+---
+
+## Git 同步流程
+
+当前 Git 同步已经会扫描仓库中的 `SKILL.md`，并使用 `commit_sha` 和 `blob_hash` 做增量同步。
+
+引入 Gene 后，Git 同步流程建议变成：
+
+```text
+当 Git 同步发现 SKILL.md 的 blob_hash 变化时：
+
+1. 正常创建或更新 project_skill。
+2. 查找该 skill 对应的 project_gene。
+3. 如果不存在 project_gene，则创建一个。
+4. 查找该 gene 下最新的 project_gene_revision。
+5. 如果新的 blob_hash / content_hash 不同，则创建新的 GeneRevision。
+6. 将上一 revision 设为 parent_revision_id。
+7. mutation_reason 默认记录为 git_sync。
+8. mutation_diff 记录上一个 SKILL.md 与当前 SKILL.md 的 diff。
+9. 不自动改变 selected_revision，除非选择策略明确允许。
+```
+
+关键约束：
+
+```text
+Git sync 可以产生新的 GeneRevision。
+Git sync 不应默认切换当前线上选中版本。
+```
+
+这样可以避免仓库变更自动导致线上行为漂移。
+
+---
+
+## 手动编辑流程
+
+当用户在 UI 中编辑 `Skill` 内容时：
+
+```text
+1. 更新 project_skill。
+2. 计算新的 content_hash。
+3. 查找对应 project_gene。
+4. 创建新的 project_gene_revision。
+5. parent_revision_id 指向编辑前的 revision。
+6. mutation_reason 记录为 manual_edit。
+7. mutation_diff 记录编辑前后的差异。
+8. 可选择是否自动把新 revision 标记为 selected。
+```
+
+建议 MVP 默认：
+
+```text
+手动编辑后创建新 revision，但不自动覆盖 active selection。
+由用户显式选择是否启用该 revision。
+```
+
+如果产品希望“编辑即生效”，也可以让 selection 同步更新，但必须记录：
+
+```text
+policy = manual_edit_auto_select
+reason = "User edited skill content"
+```
+
+---
+
+## 聊天上下文注入流程
+
+现有流程中，`libs/agent/chat/message_builder.rs` 读取项目中启用的 `Skill`，并把技能注入对话上下文。
+
+引入 Gene 后，这个原则不变：
+
+```text
+message_builder 不直接读取 Gene 内容。
+message_builder 仍然读取启用的 Skill。
+Gene 只影响哪个 Skill revision 被视为推荐版本或当前选中版本。
+```
+
+如果未来要让 `GeneSelection` 影响上下文注入，推荐路径是：
+
+```text
+GeneSelection
+  -> resolve selected GeneRevision
+  -> materialize / update project_skill
+  -> message_builder reads project_skill
+```
+
+不建议：
+
+```text
+message_builder
+  -> read Gene
+  -> assemble prompt
+```
+
+因为这会让 `Gene` 偷偷变成新的执行层。
+
+---
+
+## API 设计
+
+MVP API 可以包括：
+
+```text
+GET    /projects/:project_uuid/skills/:skill_id/gene
+POST   /projects/:project_uuid/skills/:skill_id/gene
+
+GET    /projects/:project_uuid/genes/:gene_id/revisions
+POST   /projects/:project_uuid/genes/:gene_id/revisions
+
+GET    /projects/:project_uuid/genes/:gene_id/evaluations
+POST   /projects/:project_uuid/genes/:gene_id/evaluations
+
+GET    /projects/:project_uuid/genes/:gene_id/selection
+POST   /projects/:project_uuid/genes/:gene_id/select
+```
+
+选择接口示例：
+
+```json
+{
+  "selected_revision_id": "rev_123",
+  "policy": "manual",
+  "reason": "Higher pass rate on regression eval"
+}
+```
+
+评估写入接口示例：
+
+```json
+{
+  "revision_id": "rev_123",
+  "eval_name": "skill_regression_eval",
+  "dataset_ref": "datasets/skill-regression-v1",
+  "dataset_version": "2026-01-01",
+  "metric_name": "task_success_rate",
+  "score": 0.92,
+  "threshold": 0.85,
+  "passed": true,
+  "sample_count": 100,
+  "failure_count": 8,
+  "latency_ms_avg": 1200,
+  "cost": 0.34
+}
+```
+
+---
+
+## UI 设计
+
+`Gene` 不替代现有技能管理 UI。
+
+推荐把它放在 `Skill Detail` 页面中的一个“演化”标签页。
+
+```text
+Skill Detail
+  - 基本信息
+  - 内容编辑
+  - 启用状态
+  - Evolution / Gene
+      - 当前选中 revision
+      - 版本列表
+      - 父子关系
+      - 每个版本的 diff
+      - 每个版本的评估结果
+      - 选择按钮
+      - 回滚按钮
+```
+
+MVP UI 可以先做只读：
+
+```text
+1. 显示 Gene 信息
+2. 显示 Revision 列表
+3. 显示每个 Revision 的来源、时间、commit_sha、blob_hash
+4. 显示相邻 Revision 的 diff
+```
+
+第二阶段再加入：
+
+```text
+1. 手动选择 revision
+2. 回滚 revision
+3. 展示评估结果
+4. 根据评估结果推荐版本
+```
+
+---
+
+## 评估指标
+
+Gene 的核心不是“更像生物学”，而是“更像可验证的演化对象”。
+
+每个 `GeneRevision` 都应该支持评估，例如：
+
+* 任务成功率
+* 失败率
+* 平均耗时
+* 误触发率
+* 人工接受率
+* 回滚率
+* 成本
+* 稳定性
+* 安全失败数
+* 用户满意度
+
+没有评估的 Gene，只是重命名后的 Skill 管理。
+
+---
+
+## 选择策略
+
+如果存在多个 GeneRevision，系统应该能选择更优版本。
+
+MVP 阶段不做自动选择，只做人工选择和可审计回滚。
+
+后续选择规则可以逐步加入：
+
+```text
+1. 先看是否通过基础测试
+2. 再看近期成功率
+3. 再看失败率
+4. 再看成本
+5. 再看延迟
+6. 再看稳定性
+7. 再看人工接受率
+```
+
+可选策略：
+
+```text
+manual
+latest_passed
+best_score
+stable_low_cost
+lowest_latency
+highest_acceptance_rate
+```
+
+自动选择必须满足：
+
+```text
+有评估数据
+有样本量
+有失败分类
+有回滚机制
+有选择审计记录
+```
+
+---
+
+## Migration 策略
+
+对于已有的 `project_skill`，可以执行一次初始化迁移：
+
+```text
+对每个 project_skill：
+
+1. 创建 project_gene。
+2. 创建初始 project_gene_revision。
+3. revision.origin = migration。
+4. revision.skill_id = project_skill.id。
+5. revision.skill_slug = project_skill.slug。
+6. revision.commit_sha = project_skill.commit_sha。
+7. revision.blob_hash = project_skill.blob_hash。
+8. revision.content_hash = hash(project_skill.content)。
+9. revision.content_snapshot_ref = 当前 Skill 内容快照。
+10. 创建 active project_gene_selection。
+11. selected_revision_id = 初始 revision。
+12. policy = migration。
+13. reason = "Initial gene selection from existing project_skill"。
+```
+
+这样现有 Skill 都可以无损进入 Gene 生命周期模型。
+
+---
+
+## 推荐实现顺序
+
+```text
+1. 保持 Skill 执行、扫描、编辑、注入流程不变。
+2. 增加 project_gene 和 project_gene_revision 表。
+3. 为现有 project_skill 执行一次 migration：每个 Skill 创建一个 Gene 和初始 Revision。
+4. 在 Git sync 发现 blob_hash 变化时，自动创建新的 GeneRevision。
+5. 在 Skill 详情页增加只读版本历史和 diff 展示。
+6. 增加 ProjectGeneEvaluation 表和手动写入 API。
+7. 增加 ProjectGeneSelection 表和人工选择 / 回滚能力。
+8. 当评估数据稳定后，再做自动选择策略。
+9. 最后再考虑 Variant / Experiment / A-B 测试。
+```
+
+---
+
+## 落地判断标准
+
+一个能力如果只是：
+
+* 能被扫描
+* 能被编辑
+* 能被启用或禁用
+* 能被注入上下文
+* 能交付业务能力
+
+它还是 `Skill`。
+
+一个能力如果还能：
+
+* 被追踪来源
+* 被比较版本
+* 被记录变体
+* 被评估好坏
+* 被继承和淘汰
+* 被审计选择
+* 被安全回滚
+
+它才进入 `Gene` 管理范畴。
+
+---
+
+## 非目标
+
+Gene MVP 不做以下事情：
+
+```text
+1. 不替换 project_skill。
+2. 不改变 SKILL.md 作为仓库技能事实来源的地位。
+3. 不直接参与聊天上下文构建。
+4. 不直接执行工具调用。
+5. 不自动改写 Skill 内容。
+6. 不在没有评估和回滚机制的情况下自动切换线上版本。
+7. 不一开始支持复杂遗传算法、交叉、随机变异或自动进化。
+8. 不新增一套和 Skill 并列的执行 UI。
+```
+
+---
+
+## 风险与约束
+
+### 1. Gene 变成另一个 Skill
+
+风险：
+
+```text
+Gene 中也开始存 prompt、工具权限、上下文注入规则，并且聊天时直接读取 Gene。
+```
+
+规避：
+
+```text
+Gene 不存放执行主内容。
+执行内容仍然归 Skill 所有。
+GeneRevision 只引用或快照 Skill 的某个状态。
+```
+
+---
+
+### 2. 评估绑定到可变 Skill
+
+风险：
+
+```text
+评估结果只挂在 skill_id 上，Skill 内容变化后，评估记录失真。
+```
+
+规避：
+
+```text
+评估必须绑定 revision_id + content_hash / blob_hash。
+```
+
+---
+
+### 3. 自动选择过早上线
+
+风险：
+
+```text
+没有足够评估数据时自动切换版本，导致线上行为漂移。
+```
+
+规避：
+
+```text
+MVP 只做人工选择和可审计回滚。
+自动选择必须依赖稳定评估和回滚机制。
+```
+
+---
+
+### 4. mutation_diff 膨胀
+
+风险：
+
+```text
+每个版本都保存完整 diff，长期可能膨胀。
+```
+
+规避：
+
+```text
+MVP 可直接存 mutation_diff。
+后续引入 mutation_diff_ref 或对象存储引用。
+```
+
+---
+
+### 5. version 语义不清
+
+风险：
+
+```text
+version 同时承担用户展示、唯一标识、Git 版本等多种含义。
+```
+
+规避：
+
+```text
+revision_id = 系统内部唯一版本节点
+version = 用户可见版本号
+commit_sha / blob_hash = Git 来源版本标识
+content_hash = 内容稳定标识
+```
+
+---
+
+## 最终结论
+
+这个项目已经具备 `Skill` 的完整工程闭环。
+
+`Gene` 的正确位置不是替换它，而是补上它缺失的演化层：
+
+```text
+Skill 负责落地执行
+Gene 负责生命周期治理
+GeneRevision 负责不可变版本节点
+GeneEvaluation 负责版本质量判断
+GeneSelection 负责显式选择和回滚
+```
+
+两者结合后，技能系统才从“可配置”变成“可进化”。
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